Il sito www.guidausofarmaci.it riprende la struttura del volume cartaceo. Il menù di sinistra consente la navigazione attraverso le 16 aree cliniche. In ognuna sono affrontate le varie malattie o condizioni a essa afferenti (esempio Gastroenterologia: Dispepsia) e per ciascuna sono formulati uno o più quesiti clinici rilevanti.

Le risposte ai quesiti sono i farmaci da utilizzare, a partire da quelli di prima scelta.

Per ogni farmaco si fornisce la posologia con un rimando alla scheda di principio attivo e una legenda per facilitarne l'uso.

L’area di destra consente di cercare distintamente una malattia, un quesito, la scheda di un farmaco o un prodotto.

Le Appendici da 1 a 5 trattano le interazioni tra farmaci e le avvertenze in caso di insufficienza renale o epatica, allattamento e gravidanza, mentre l'Appendice 6 riporta le note AIFA.